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瓦格宁根大学是世界百强名校之一,也是欧洲乃至全世界农业方向与生命科学最顶尖的研究型大学之一,其农业科学、生命科学、食品科学等在全球享有极高的声誉。瓦格宁根大学连续12年被Keuzegids 评为荷兰最佳大学。2017年,泰晤士世界大学排名,瓦格宁根大学位列全球第65位,USNEWS世界大学排名第102位,ARWU世界大学学术排名101-150位,在上海软科发布的世界大学52个学科排名榜中,该校两个学科(农学和食品科学与工程)分别列世界第1,此外,该校农业科学在USNEWS、QS等世界知名高等教育榜单上也排名世界第1。