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耶拿大学是德国88所拥有博士授予权的公立综合性大学之一;在2014年的QS的世界大学排名榜上,耶拿大学名列世界第363位,德国第28位,高过位居精英大学之列的不来梅大学
耶拿大学共培养过6位诺贝尔奖得主(含教师与校友),最近的一次获奖是在2000年,由耶拿大学的毕业生赫伯特·克勒默(Herbert Kroemer)获得的物理学奖
在2015年QS的30个专业排名中,耶拿大学并未有专业上榜,但在QS发布的2014年的学科领域排名中,耶拿大学的自然科学、生命科学与医学和人文科学都进入世界前400强,分别居257,265和393位
在德国精英大学的评选中,耶拿大学的微生物传播(Microbial Communication)专业被列为德国的精英项目,是耶拿大学唯一上榜的专业
耶拿大学位处以光学工业闻名的耶拿市,自身的优势专业也包含光学专业。按学校自己的说法,耶拿大学共有以下5个优势研究领域,分别是:光学与光学技术、新型材料与技术、复杂生物系统及其动力、教化实验室、个人与社会变革