澳门科技大学成立于2000年3月,是澳门特别行政区在澳门回归之后批准创办的第一所国际化综合研究型大学,授课语言以英语为主。澳门特区政府行政长官何厚铧颁布「第19/2000号行政命令」成立澳门科技大学,澳门特区政府以租赁及免除公开竞投方式, 批地约21万平方米(0.21平方千米)供澳门科技大学建立校舍设施之用。
2001年,澳门科技大学得到中国教育部、国务院港澳办公室和公安部的批准和协助,扩大向内地十四个省市招生,大学也是有资格在内地招生的港澳高校之一,是澳门特别行政区同时具有学士、硕士、博士授予权的高校之一。
2006年3月25日,科大医院与药物及健康应用研究所成立。同年,澳门科技大学的拥有权转予澳门科技大学基金会。
留学群介绍说,2010年3月27日,澳门科技大学隆重举行建校十周年庆典。庆典活动首先举行了“澳科大星命名仪式”。国际小行星中心发布的新小行星命名公报中,中国科学院紫金山天文台2007年5月19日发现的、国际编号为200003号的小行星,已荣获国际小行星中心和国际小行星命名委员会批准,正式命名为“澳科大星”。
2010年12月14日,太空科学研究所成立。2011年1月25日,中药质量研究国家重点实验室(澳门科技大学)由国家科技部批准正式成立。
2014年11月19日,澳门科技大学——中国科学院月球与行星科学重点实验室成立。该实验室是中国科学院在境外设立的首个重点伙伴实验室,也是中国太空科学研究计划的重要平台。
2016年3月31日,澳门环境科学与环境管理联合实验室正式开始组建,该实验室由澳门科技大学与中国科学院生态环境研究中心共建。